肿瘤的发生是多基因、多步骤的过程。要想确切了解肿瘤的发病机制，寻找更有效的治疗方法，过去所采用的以一个或几个基因为目标的研究方法已不适合了，基因芯片技术的出现为这一问题提供了有效的解决方法。  　　基础研究  　　在肿瘤发病机制的研究中，基因芯片技术为识别出与肿瘤发生密切相关的基因、了解各基因之间复杂的关系提供了强有力的手段。Ｓｈｉｍａｄａ等利用芯片技术，分析了异位表达ＡＭＬ１－ＥＴＯ融合基因的鼠粒祖细胞系Ｌ－Ｇ的６５００个基因的表达情况，识别出３２个候选基因，其中２３个基因过去并不知道受到ＡＭＬ１－ＥＴＯ的调节。ＡＭＬ１－ＥＴＯ能提高许多与粒细胞分化有关的基因的表达，特别是编码嗜天青颗粒蛋白的基因，如组织蛋白酶Ｇ、髓过氧化物酶、溶菌酶等。这就为携带ＡＭＬ１－ＥＴＯ融合基因的ＡＭＬ发病机制研究开辟了新的领域。  　　临床应用  　　基因芯片技术在临床工作中也显示出光明前景。如果能从基因表达图中提取有用的信息，进行肿瘤的临床诊断和细致分型，将对肿瘤的诊断和治疗提供巨大帮助。Ｙｅｏｈ等利用含有１．２６万个基因探针的寡核苷酸芯片分析了３６０例儿童急性淋巴细胞白血病（ＡＬＬ）标本，识别出６个主要的白血病亚型：Ｔ－ＡＬＬ、ＢＣＲ－ＡＢＬ＋ ＡＬＬ、Ｅ２Ａ－ＰＢＸ１＋ ＡＬＬ、ＴＥＬ－ＡＭＬ１＋ ＡＬＬ、ＭＬＬ重排＋ ＡＬＬ和超二倍体且２ｎ＞５０的ＡＬＬ，而上述白血病亚型在临床治疗中确实显示出突出的反应特点。人们还发现有１４个标本具有独特的基因表达图，可能属于某些尚未确定的新亚型。同时，通过分析初诊及复发时的基因表达图，在每种白血病亚型都获得了预示复发或发生治疗相关急性粒细胞白血病（ＡＭＬ）的独特表达图，准确率达到或接近１００％。  　　基因芯片技术目前仍不完善，例如没有一种芯片能够包含所有人类基因，还未出现专门针对某一特定肿瘤或疾病的芯片。同时，该技术尚未成熟到在临床工作中广泛应用的程度，许多芯片中没有包含与药物的治疗效果和毒副反应有关的基因，还未能充分与蛋白质组学、蛋白质芯片技术相结合。但随着后基因组计划的开展，它必将逐渐成熟完善，并引导肿瘤的治疗和研究进入一个全新的时代，最终造福于人类健康。