遗传因素会导致一些儿童具有惊厥易感性，在一些环境因素的刺激下产生脑炎后遗症疾病的发作。对此，大家要特别注意遗传咨询的重要性，应详细地进行检查，了解是否有脑炎后遗症发作及其发作特点，对能引起智力低下和脑炎后遗症的一些严重遗传性疾病，应进行产前诊断或新生儿期过筛检查，以决定终止妊娠或早期进行治疗。

　　对于继发性脑炎后遗症应预防其明确的特殊病因，产前注意母体健康，减少感染、营养缺乏及各系统疾病，使胎儿少受不良影响。

　　防止分娩意外，新生儿产伤是脑炎后遗症发病的重要原因之一，避免产伤对预防脑炎后遗症有重要意义。

　　如果能够定期给孕妇作检查，实行新法接生，及时处理难产，就可以避免或减少新生儿产伤。

　　对于婴幼儿期的高热惊厥要给予足够重视，尽量避免惊厥发作，发作时应立即用药控制。

　　对小儿中枢神经系统各种疾病要积极预防，及时治疗，减少后遗症。

　　由于脑炎后遗症患者体质的问题，手术治疗脑炎后遗症是一种冒险疗法，手术治疗不仅风险大、创伤大、疗效也不明显，所以手术治疗脑炎后遗症是不可取的。