试管婴儿多胎妊娠率（双胞胎以上）远高于自然怀孕，多胎妊娠对母体和胎儿的不良影响是明确及巨大的，可以说试管婴儿的首要危害就是多胎妊娠。

    自然情况下怀双胞胎的几率是1/90（约1.1%），三胎妊娠则为0.02%，但试管婴儿的多胎率则达到30%左右，甚至出现过七胞胎、八胞胎，大规模的国外统计表明，多胎妊娠母婴的总体情况比自然状态下怀孕的要差，如32周前早产的发生率，单胎妊娠为1.2%，双胎为5.1%，三胎激增到23.6%；出生7天内的新生儿死亡率，单胎为5.2%，双胎为18.9%，三胎为26.7%。

    对于妊娠的母亲来说，多胎妊娠也更危险，如妊娠高血压的发生率，单胎妊娠为3.56%，多胎为9.87%；妊娠糖尿病的发生率，单胎妊娠为3.26%，多胎为3.66%。

    鉴于辅助生殖技术也存在很多不确定的风险，不可滥用辅助生殖技术，更不可将之作为生育多胎的手段。在漫长的自然进化中，人类已经形成非常完美的生殖机制，我们现在做的一切工作，是尽量模仿自然过程，克服自身不育的因素。但以目前的技术水平，试管婴儿技术与人类的自然生殖机制还是有区别的。生殖过程中也会有一定的弹性：人类有自我修复功能（如皮肤刮伤后可以愈合），也许能帮助克服胚胎早期受到的医疗手段的影响。