病毒感染人体后，可潜伏在基底角朊细胞间，在表皮细胞层复制， HPV 侵入细胞核，引起细胞迅速分裂，同时伴随病毒颗粒的繁殖与播散，形成特征性的乳头瘤。晚期基因表达结构多肽，即出现结构蛋白装配颗粒，病毒主要集中在颗粒层中的细胞核内，在表皮的颗粒层出现凹空细胞增多，组织学上正常的上皮细胞也有 HPV ，治疗后残余的 DNA 常可导致疾病的复发。