人体获得性免疫缺损综合征即艾滋病（AIDS）研究不足十年的历史。这项研究虽已有一些成果，却仍属尚在进行的课题。对尚在进行的研究做方法论的考察难度较大，似乎也为时过早。但这种考察是有意义的。它既可以对AIDS研究的未来发展做方法论角度的前瞻，进而在一定程度上推进AIDS研究；也可以通过对近十年来AIDS研究的回顾，引发出现代医学发展的方法论特征。本文对AIDS研究的考察着重于假说方法。
在AIDS研究初期，人们根据医学常识认为，AIDS和人类其他疾病一样，也有其致病因子，并且只有弄清AIDS的致病因子，才能说明其发病机理、才能科学地预防和治疗这种新的综合征。美国的Gallo、法国的Montagnier分别提出了关于AIDS致病因子的反转录病毒假说，认为AIDS的致病因子是一种反转录病毒。反转录病毒的特征在于其遗传物质是RNA，反转录病毒携带的反转录酶能够以病毒的RNA为模板制造DNA，制造出的病毒DNA能够使自身整合进宿主细胞的基因组潜伏下来，直至被激活而制造出新的病毒粒子。这种潜伏的DNA还能启动一个导致肿瘤形成的过程。1980年和1982年，Gallo领导的研究小组成功地分离出了人的两种反转录病毒，证明反转录病毒可存在于人体。这两种反转录病毒被命名为HTLV-I和HTLV-Ⅱ。他们在研究中发现，这两种反转录病毒都通过血液和性关系传染；并能由母亲传染给婴儿；都经过长期潜伏后引发疾病；都侵染T淋巴细胞。Gallo和Montagnier根据反转录病毒、特别是人体反转录病毒的传染特征与AIDS传染特征的相似，提出了反转录病毒是AIDS致病因子的假说。尽管这仅仅是推论，只是假设，但正是它为AIDS研究提供了正确的方向。
接下来的工作是以假说为指导设计实验，验证假说，具体说就是找到致使人感染AIDS的反转录病毒。1983年1月，MOntagnier的实验室在对取自一年轻同性恋患者的肿大的淋巴结的试样进行检测中终于找到了反转录酶，继而发现了一种新的人体反转录病毒，这种病毒被命名为与淋巴病有关的病毒（LAV）。同年10月，Montagnier确认LAV即是AIDS的致病因子。Gallo的研究小组使验证工作又前进了一步。他们集中力量，用大量、连续的培养法从AIDS患者的血液里培养出病原体，确定了能够保证培养出新病原体的几个细胞系，还研制出了供专门鉴定这种病毒用的第一批试剂。利用这种试剂他们测得，自1983年初开始从AIDS患者和处于AIDS威胁下的人身上取得的48种分离物都是同一类病毒。美国方面把这种病毒命名为HTLV-Ⅲ。不久就证明， LAV和HTLV-Ⅲ是同一种病毒，为避免同物异名引起混乱，国际组织将其命名为人体免疫缺损病毒（HIV）。至此，AIDS致病因子的反转录病毒假说被证实了。现在看来，可以毫不夸张地说，在AIDS致病因子研究上，没有反转录病毒假说，就不会有HIV的发现。
假说的另一种转归是被证伪，即假说在验证中部分地乃至全部地被否定。假说存在这样一种归宿是不足怪的。因为假说具有推测的性质，既然是推测就必然有或然性、有不同的发展方向和可能：或者正确、或者错误、或者二者兼而有之。AIDS研究中对人体免疫缺损病毒（HIV）感染的完整认识就给人以启示。HIV是AIDS的致病因子。可是，HIV引起的感染是一个过程，在这个过程中，AIDS仅仅是一个阶段，是这种感染的晚期表现。但在AIDS研究的头几年，人们的注意力仅仅局限于AIDS，自觉或不自觉地把HIV引起的感染简单地归结为AIDS。这种假说是不全面的，严格说来是不正确的。因为它没有反映HIV感染的全过程，忽略了HIV感染过程中的其他环节。以这种假说为指导，既不利于对HIV感染的及时诊断，不能使患者在罹患这种疾病的早期就得到最佳治疗，防止或延迟其恶性发展；也不利于对该病的预防，不能使人们及早改变行为方式、不感染这种疾病或不将HIV病毒传给他人；还不利于对HIV感染的科学研究，使人们误将这种感染的人群限定为少数的AIDS患者，结果遗漏了大量的无自觉症状或症状不明显的HIV感染人群。这种遗漏直接导致了对已感染HIV或将会感染HIV人数的错误估计，导致了对HIV感染早期研究的放弃。随着研究的深入，这种片面性假说终于受到了事实的挑战。人们发现，许多患有轻度淋巴结病、但不具有其他症状的患者，却存在异常的免疫状态。这提示人们，患者在感染初期与最后发展为AIDS之间有一个无明显症状的阶段。对高危人群进行的血清研究也表明，AIDS病例只占受HIV感染人数的很小一部分。以此为基础，1984年美国华盛顿特区沃尔特.里德陆军医疗中心的研究人员提出了新的假说。他们根据构成HIV感染的各种免疫缺损指征，制订了HIV感染进程的分类体系。在他们的分类体系中，HIV感染共有六个时期，AIDS是其最后一个时期，这个时期的诊断标准是机会感染（因免疫系统崩溃而发生的感染）的存在。到这里，把HIV感染归结为AIDS的假说被推翻、被取代了。这种取代标志着HIV感染研究的深入。
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