以往对于淋病性尿道炎，注射盘尼西林是相当有效的治疗，近年来由于非淋病性尿道炎的病患增加，及淋病菌本身对抗生素的抵抗力增加，造成抗生素的治疗也需要适当的调整。以近来经验来说，由于病患常常是同时有淋病及非淋病性的尿道炎感染，医师在治疗时，常常要合并使用多种抗生素药物，才能有效的根除感染，对于妇女停经后造成的萎缩性尿道炎，则应考虑给予荷尔蒙的补充治疗。