40％～50％的非淋菌性尿道炎由沙眼衣原体引起。衣原体为介于细菌与病毒之间的细胞内寄生微生物，直径250～500nm，用显微免疫荧光测定法已测知衣原体至少有15种血清型，其中8型（D、E、F、G、H、1、J、K）已证实与尿道炎有关。衣原体不耐热，在室温中迅速丧失传染性，50℃30分钟即可将其杀死。30％的非淋菌性尿道炎由尿素分解支原体所引起，尿素分解支原体呈极微小的球杆状，直径仅为200nm，常寄生于人的尿道上皮，具有将尿素分解为氨的性能。能在细胞外独立生活，对外界环境抵抗力弱。45℃15分钟即可被杀死。10％～20%非淋菌性尿道炎可由其它病原体所引起。如滴虫、白色念珠菌、疱疹病毒、大肠杆菌、链球菌、金葡菌、人乳头瘤病毒、酵母菌、厌氧革兰氏阴性杆菌等。