沙眼衣原体与淋病有非常密切的关系，淋病对衣原体感染起着激活与促进的作用。衣原体感染的危险因素中，第一位是合并有淋病。淋病患者的沙眼衣原体的分离率也明显高于不合并淋病的人群。实验研究表明，淋病双球菌的存在使沙眼衣原体在宫颈和尿道的复制能力提高100倍。淋病双球菌还对沙眼衣原体的复发起到加速作用。有人报道，沙眼衣原体感染引起的尿道炎复发者，约半数合并有淋病。这就不难理解淋病与沙眼衣原体引起的尿道炎常常有合并感染的原因了。