性病防治科作为安徽省皮肤病防治所、安徽省性病防治中心疾病预防控制的重要科室，是全省性传播疾病预防控制业务技术指导中心。主要负责《中华人民共和国传染病防治法》及卫生部《性病防治管理办法》中规定的8种性传播疾病的监测和预防控制。承担全省性病预防和控制信息的收集、统计分析、综合评价、疫情报告；承担性病监测及相关防治技术、方法、标准、规范等的制定与研究；开展性病防治科研、宣传、健康教育和行为干预工作。为省卫生厅提供控制性病对策和措施的抉择依据，并协助省卫生厅制定、实施性病预防控制计划。同时承担对全省性病防治工作人员进行指导、培训的工作。

     性病防治科是全省疾病预防控制、卫生检验检测、健康教育、预防医学继续教育及科研、培训等业务技术指导中心，是预防医学科学研究及技术咨询、卫生防病信息管理和预防保健服务中心。中心的任务是“研究提出疾病预防、控制的规划和措施，实施对传染病、慢性非传染性疾病、地方病、职业病等疾病的综合防治；从事卫生监测检验，卫生学监测检验，卫生学评价与业务审核为监督执法提供技术服务和技术支撑；实施健康教育；开展预防医学研究，预防保健服务和技术咨询”。